年末調整の時期になると事業主が作成する「給与支払報告書」ですが、一体何の為に、どこに提出するべきか迷っていませんか？結論から言うと、提出の目的は「各市区町村が従業員の翌年の住民税を正しく計算・決定するため」であり、提出先は「翌年の1月1日時点に従業員が居住している市区町村」です。この記事では、給与支払報告書の重要性や正確な提出先（退職者の扱い含む）はもちろん、源泉徴収票との関係、作成から提出までの具体的な流れ、未提出時の罰則まで徹底解説します。事業主が抱える実務の疑問をすべて解消できます。
1. 年末調整後に事業主が提出する給与支払報告書とは
1.1 給与支払報告書の概要と重要性
給与支払報告書とは、事業主（給与支払者）が従業員に対して1月1日から12月31日までの1年間に支払った給与や賞与の金額、社会保険料、扶養親族の状況などを記載した書類です。年末調整の計算が完了した後に作成され、税務署へ提出する源泉徴収票とほぼ同じ内容が記載される非常に重要な法定調書として位置づけられています。
なお「ほぼ同じ内容」と申し上げましたが、マイナンバー（個人番号）の取扱いには重要な違いがあります。
市区町村へ提出する給与支払報告書（個人別明細書）および税務署へ提出する源泉徴収票には、本人と扶養親族のマイナンバーを記載します。一方、従業員本人へ交付する源泉徴収票には、マイナンバーを記載してはいけません。
同じ様式を使用するため、給与計算ソフトの出力設定を誤り、マイナンバーが印字されたまま従業員へ交付してしまうミスが実務で頻発しています。交付前に必ず出力内容を確認してください。
源泉徴収票が国税である所得税の確認を目的として税務署や従業員本人に交付されるのに対し、給与支払報告書は地方税である住民税の計算に用いられます。事業主には、正社員や契約社員、アルバイト、パートタイマーといった雇用形態に関わらず、給与を支払ったすべての従業員についてこの書類を作成し、適切に処理する義務が課せられています。
令和9年1月から「源泉徴収票のみなし提出」が始まります
これまで事業主は、ほぼ同じ内容の書類を税務署（源泉徴収票）と市区町村（給与支払報告書）の双方へ提出する必要がありました。
しかし令和9年1月1日以降、給与支払報告書を市区町村に提出した場合には、税務署に給与所得の源泉徴収票を提出したものとみなされます。これにより、税務署への源泉徴収票の提出が不要になります。
令和8年分の提出（令和9年1月）から適用されるため、年末調整の業務フローそのものが変わります。社内の手順書やチェックリストを更新しておきましょう。
なお、従業員本人への源泉徴収票の交付義務は従来どおり残ります。変更されるのは税務署への提出部分のみである点にご注意ください。
1.2 何の為に提出するのかという目的
給与支払報告書を提出する最大の目的は、従業員が翌年度に納めるべき住民税の金額を各市区町村が正確に計算し、決定するためです。日本の税制度において、個人の住民税は前年の所得金額をもとに計算される「前年所得課税」の仕組みがとられています。
市区町村は、事業主から提出された給与支払報告書に記載されている給与の支払金額や各種所得控除のデータをもとに、その地域に住む個人の所得を正確に把握します。そして、そのデータに基づいて翌年度の住民税額を算出し、事業主に対して特別徴収税額の決定通知を行います。したがって、事業主が給与支払報告書を正しく提出しなければ、従業員の住民税が適切に計算されず、正しい納税手続きが行えなくなるという事態を招きます。給与支払報告書の提出は、従業員が適正に公的なサービスを受け、正しく納税の義務を果たすために、事業主が必ず行わなければならない不可欠な手続きなのです。
2. 給与支払報告書の提出先はどこにすべきか
事業主が作成した給与支払報告書は、税務署ではなく各自治体へ提出する必要があります。しかし、従業員が多数在籍している場合や、年の途中で引っ越しをした従業員がいる場合、どこに提出すればよいのか迷う事業主も多いでしょう。ここでは、給与支払報告書の正しい提出先について、在職中の従業員と退職者に分けて詳しく解説します。
2.1 原則として従業員の1月1日時点の住所地である市区町村
給与支払報告書の提出先は、原則として、給与を支払った年の翌年1月1日時点における従業員の住所地（居住地）の市区町村となります。たとえば、令和8年分の給与支払報告書であれば、令和9年1月1日時点での住所地を管轄する市役所や区役所などの自治体が提出先です。
この「1月1日時点の住所地」というのは、翌年度の住民税を計算し、課税する自治体が1月1日時点の居住地で決定されるためです。事業主は、年末調整の際に従業員から提出される「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」などで、最新の住所を正確に把握しておく必要があります。
2.1.1 住民票の住所と実際の居住地が異なる場合の対応
従業員の中には、単身赴任や個人的な事情により、住民票の住所と実際に住んでいる場所（居所）が異なるケースがあります。このような場合、実務上は住民基本台帳に記録されている住所（住民票の住所）を基準に提出するのが原則的な取扱いです。地方税法では、住民基本台帳に記録されている方はその市町村に住所を有するものとみなすこととされているためです。
ただし、生活の本拠が明らかに別の市区町村にある場合には、実際の居住地で課税されることもあります。事業主が独自に判断すると課税関係が複雑になるおそれがあるため、判断に迷う場合は提出先の候補となる自治体に確認するのが確実です。
ただし、実務上は住民票のある自治体と実際の居住地の自治体との間で認識の相違が生じ、二重課税のトラブルに発展するリスクもあります。そのため、事業主は従業員に対して、速やかに住民票を実際の居住地へ移すよう指導することが望ましいでしょう。
2.2 退職者の給与支払報告書はどこに提出するのか
年の途中で退職した従業員についても、事業主は給与支払報告書を提出する義務があります。退職者の場合、提出先は退職した日（離職日）の時点における住所地の市区町村となります。退職後に従業員が引っ越しをして住所が変わっていたとしても、事業主が把握している退職時の住所地を管轄する自治体へ提出すれば問題ありません。
2.2.1 退職者の給与支払額が30万円以下の場合の特例
退職者の給与支払報告書については、提出義務に関する特例が設けられています。具体的には、退職した年中に支払った給与の総額が30万円以下である退職者については、給与支払報告書の提出義務が免除されています。
しかし、提出義務が免除されているとはいえ、各自治体は適正な住民税の課税を行うために、支払額が30万円以下の退職者についても給与支払報告書の提出を推奨しています。住民税の申告漏れを防ぐ観点からも、事業主としては支払金額にかかわらず、すべての退職者について給与支払報告書を作成し、該当する市区町村へ提出することが推奨されます。
3. 事業主が行う給与支払報告書の作成から提出までの流れ
事業主が給与支払報告書を各市区町村へ提出するためには、年末調整の計算から書類の作成、そして実際の提出手続きまで、段階を踏んで正確に処理を進める必要があります。ここでは、具体的な手順を3つのステップに分けて詳しく解説します。
3.1 年末調整の計算と源泉徴収票の作成
給与支払報告書を作成するための第一歩は、従業員の年末調整を正確に行うことです。まずは、1年間に支払った給与や賞与の総額、および徴収した源泉所得税の額を源泉徴収簿などで集計します。その後、従業員から提出された扶養控除等申告書や保険料控除申告書をもとに、各種控除額を計算して正しい所得税額を確定させます。
年末調整の計算が完了したら、その結果をもとに源泉徴収票を作成します。源泉徴収票は従業員に交付するための書類ですが、これと全く同じ内容を記載したものが給与支払報告書の「個人別明細書」となります。そのため、この段階での計算ミスや記載漏れがないよう、慎重に確認することが重要です。
3.2 個人別明細書と総括表の準備
年末調整のデータが固まったら、市区町村へ提出するための具体的な書類準備に取り掛かります。提出する書類は、主に「個人別明細書」と「総括表」の2種類です。
3.2.1 個人別明細書の作成
個人別明細書は、従業員一人ひとりの給与支払額や控除額、マイナンバー（個人番号）などを記載する書類です。前述の通り、源泉徴収票と内容は同一ですが、提出先が市区町村となるため、従業員が1月1日時点で居住している市区町村ごとに仕分けを行う必要があります。
3.2.2 総括表の作成
総括表は、各市区町村へ提出する個人別明細書の表紙となる書類です。事業主の名称や所在地、法人番号、連絡先のほか、その市区町村へ提出する個人別明細書の対象人数（特別徴収と普通徴収の内訳）を記載します。市区町村によっては独自の総括表が送付されてくるケースもあるため、指定がある場合はそちらを優先して使用しましょう。
ここで必ず押さえておきたいのが、個人住民税は特別徴収（給与からの天引き）が原則であるという点です。
地方税法321条の4により、給与を支払う事業主は特別徴収義務者として指定され、従業員の住民税を給与から天引きして納入する義務を負います。事業主や従業員の意思で「普通徴収にする」と選ぶことはできません。
普通徴収とすることが認められるのは、次のような限られた事由に該当する場合のみです。
・退職予定者（翌年5月末日までに退職予定の方）
・給与が少額で住民税を天引きできない方
・他の事業所ですでに特別徴収されている方
・給与の支払が不定期な方
さらに、多くの自治体では普通徴収とする場合に「普通徴収切替理由書」の添付を求めており、個人別明細書の摘要欄に該当する理由の符号を記入する必要があります。総括表の提出で最も差し戻しが多いのがこの部分ですので、提出先の自治体が指定する様式と記入方法を事前に確認してください。
3.3 各市区町村への提出手続き
書類の準備が整ったら、従業員の住所地である各市区町村へ給与支払報告書を提出します。提出期限は、原則として給与を支払った年の翌年1月31日までと法律で定められています。期限を過ぎると従業員の住民税の計算に遅れが生じるため、余裕を持った提出を心がけてください。
なお、令和9年1月31日は日曜日にあたります。提出期限が日曜日等にあたる場合、期限はその翌日となるため、令和8年分の給与支払報告書の提出期限は令和9年2月1日（月）となる見込みです。ただし、市区町村によって取扱いが異なる場合があるため、提出先の案内を確認のうえ、余裕をもって1月中に完了させることをおすすめします。
3.3.1 提出方法の選択肢
提出方法には、窓口への持参、郵送、そして地方税ポータルシステム（eLTAX）を利用した電子申告の3つがあります。近年は業務効率化の観点から、インターネット経由で複数の市区町村へ一括送信できるeLTAXの利用が推奨されています。ここで必ず押さえておきたいのが、令和9年1月の提出分から電子提出の義務基準が大きく変わるという点です。
これまでは、前々年に提出した源泉徴収票の枚数が100枚以上の事業主に電子提出（eLTAX、光ディスク等）が義務づけられていました。これが令和9年1月1日以後に提出する法定調書から「30枚以上」に引き下げられます。
判定は前々年に提出した枚数で行うため、令和9年1月に提出する分については令和7年中に提出した枚数が基準となります。従業員が30名程度いる事業者であれば対象となる可能性が高く、これまで書面で提出していた多くの中小企業が新たに義務の対象となります。
また、給与所得の源泉徴収票の電子提出が義務づけられた年分については、市区町村へ提出する給与支払報告書も電子提出が必要になります。まだ電子提出に対応していない場合は、年末調整の繁忙期に入る前に、給与計算ソフトのeLTAX連携機能を確認しテスト送信を行っておくことをおすすめします。
4. 給与支払報告書を提出しないとどうなるのか
事業主にとって、給与支払報告書の提出は法的に定められた重要な義務です。もし期限までに各市区町村へ提出しなかった場合、従業員だけでなく事業主自身にも大きな不利益が生じます。ここでは、給与支払報告書を提出しなかった際に発生する具体的なトラブルやペナルティについて詳しく解説します。
4.1 住民税の決定通知書が届かないトラブル
給与支払報告書が提出されないと、各市区町村は従業員の正確な所得を把握することができません。その結果、従業員の正しい住民税額が計算されず、特別徴収税額の決定通知書が届かないという深刻なトラブルに発展します。
通常、事業主は決定通知書をもとに毎月の給与から住民税を天引き（特別徴収）しますが、通知が来ないことで天引き処理ができなくなります。これにより、本来であれば特別徴収されるはずだった住民税が、従業員自身で直接納付する普通徴収に切り替わってしまったり、後日遅れて決定通知が届き、過去の分までまとめて多額の天引きをしなければならなくなったりと、従業員の生活設計に大きな悪影響を及ぼす恐れがあります。従業員からの信用問題にも直結するため、確実な提出が不可欠です。
4.2 事業主に対する罰則の可能性
給与支払報告書の提出は、地方税法によって事業主に課せられた義務です。正当な理由なく提出を怠ったり、虚偽の記載をして提出したりした場合、地方税法第317条の7（給与支払報告書等の提出義務違反に関する罪）により、1年以下の拘禁刑または50万円以下の罰金が科せられる可能性があります。
なお、従来「懲役」とされていた刑は、令和7年6月1日施行の刑法改正により「拘禁刑」に一本化されています。古い解説記事では「懲役」と記載されているものもありますのでご注意ください。
また、この規定には両罰規定が置かれており、違反行為を行った担当者個人が罰せられるだけでなく、その法人または個人事業主に対しても罰金刑が科されます。担当者任せにせず、事業主自身が提出状況を把握しておく必要があります。
単なる事務手続きの漏れであっても、税務調査等で未提出が発覚した場合には、事業主としてのコンプライアンス違反が厳しく問われます。さらに、本来納めるべき住民税の徴収が遅れたことによる延滞金が発生するリスクもゼロではありません。社会的信用を失墜させないためにも、毎年1月31日の提出期限を厳守し、正確な給与支払報告書を各市区町村へ提出する体制を整えておくことが重要です。
5. まとめ
事業主が年末調整後に行う給与支払報告書の提出は、各市区町村が従業員の正しい住民税額を計算・決定するために欠かせない重要な手続きです。
提出先は、原則としてその年の1月1日時点における従業員の住所地の市区町村役場となります。退職者の場合も、退職時の住所地の市区町村へ提出する必要があります。
万が一提出を怠ると、従業員に住民税の決定通知書が届かないトラブルが発生するだけでなく、地方税法に基づく罰則が事業主に科される可能性もあります。年末調整が終わったら、速やかに総括表と個人別明細書を準備し、期限である1月31日までに各市区町村へ確実に提出しましょう。
※本記事に記載した制度内容は2026年9月時点の情報に基づいています。給与支払報告書の様式、普通徴収切替の要件、提出方法などの運用は市区町村によって異なるため、提出前に必ず提出先自治体の最新の提出要領をご確認ください。個別の判断にあたっては税理士にご相談ください。
